Більшість бактерій завдають шкоди, псуючи продукти харчування. У природі ж вони відіграють санітарну роль, звільняючи поверхню Землі від решток відмерлих тварин і рослин. Бактерії здатні очищати воду в річках і забезпечувати рослини мінеральними речовинами, які утворюються під час розкладання органічних сполук. У ланцюгах живлення екосистем бактерії виконують роль редуцентів - розкладають рештки відмерлих тваринних і рослинних організмів.

Людина використовує бактерії в різних галузях промисловості для отримання ацетону, етилового і бутилового спиртів, оцтової кислоти, ферментів, гормонів, вітамінів, антибіотиків, білково-вітамінних препаратів тощо. Наприклад, нітрагін, азотобактерин застосовують у сільському господарстві як добрива.

Завдяки успіхам генної інженерії на сьогодні з'явилася можливість широко використовувати бактерію кишкову паличку для отримання інсуліну, інтерферону, деякі бактерії -для одержання кормового і харчового білків.

Без бактерій неможливі процеси дублення шкіри, сушіння листків тютюну, виготовлення шовку, каучуку, порошку какао, кави, мочіння конопель, льону й інших лубоволокнистих рослин, квашення капусти, очищення води, вилужування металів тощо.

Особливе значення в житті людини мають бактерії, які викликають процеси бродіння, зокрема молочнокислі. їх використовують для приготування кислого молока, сметани й масла, кефіру, сиру, під час засолення огірків.

Бактерії мають велике значення в кругообігу вуглецю, кисню, водню, азоту, фосфору, сірки, кальцію та інших елементів. Особливо важливе значення мають ті бактерії, які розкладають целюлозу і пектинові речовини, що є основним джерелом вуглецю для життєдіяльності мікроорганізмів ґрунту.

Хвороботворні бактерії завдають великої шкоди людині, домашнім тваринам, культурним рослинам. Вони є збудниками інфекційних хвороб (дизентерії, холери, туберкульозу, бронхіту -в людини; бруцельозу, сибірки - у тварин; бактеріозів у рослин). Споживання зіпсованих консервів та прострочених продуктів може спричинити тяжкі хвороби, навіть смерть. Щоб запобігти бактеріальним отруєнням, необхідно вживати харчові продукти